Gegenüber dem 4:0-Erfolg in der ersten Runde des DFB-Pokals beim MSV Neuruppin im Berliner Olympiastadion stellte Felix Magath auf vier Positionen um: Für Ottl rückte erwartungsgemäß wieder Lucio in die Innenverteidigung, im Mittelfeld kamen Karimi und Ballack für Schweinsteiger und Deisler zum Einsatz und im Sturm stand wieder Makaay statt des verletzten Santa Cruz (Muskelfaserriss) auf dem Platz. Hertha BSC tat sich beim 3:2 n.V . Bei der TuS Koblenz reichlich schwer, in die zweite Runde des DFB-Pokals einzuziehen. Trainer Falko Götz, der nach wie vor auf Gilberto (Muskelfaserriss) und Fiedler (Trainingsrückstand) verzichten musste, brachte im Vergleich zum Sieg über den Regionalligisten Simunic statt Fathi in der Vierer-Abwehrkette und Marx statt Boateng im Mittelfeld. Darüber hinaus spielte Neuendorf für Okoronkwo.
Den Bayern gehörte vor ausverkauftem Haus die Anfangsphase. Doch bis auf eine Kopfballchance von Makaay nach sechs Minuten, die Hertha-Keeper Tremmel glänzend parierte, sprang für den deutschen Rekordmeister nichts heraus. Die Hauptstädter, bei denen die einzige nominelle Spitze Rafael zumeist von Marcelinho unterstützt wurde, machten nach einer knappen Viertelstunde erstmals auf sich aufmerksam. Rafael verlängerte eine Bastürk-Ecke geschickt mit der Fußspitze. Doch auch Nationalkeeper Kahn bestand seine erste Bewährungsprobe souverän.
In der Folgezeit konnte sich der deutsche Rekordmeister ein optisches Übergewicht erspielen. Allerdings agierten die Bayern bei ihren Offensivaktionen zu oft durch die Mitte, wo die Hertha geschickt die Räume zustellte und die Bayern so zu Abspielfehlern zwang. Insgesamt mangelte es bei den Bayern an kreativen Ideen im Mittelfeld. Richtig gefährlich wurde es nur, wenn sich der agile Sagnol auf der rechten Seite ins Angrifsspiel einschaltete. Eine Flanke des Franzosen lenkte Tremmel mit den Fingerspitzen gerade noch zur Ecke (23.), auch Karimis Kopfball nach Sagnol-Flanke (27.) wurde eine Beute des Hertha-Keepers.
Doch die Bayern taten sich gegen die kompakte Abwehr der Berliner weiterhin sehr schwer. Bis zur Pause musste Tremmel nur noch bei einem Makaay-Freistoß eingreifen (38.). Doch auch den wenigen Angriffen der Hertha fehlte in der ersten Halbzeit die Durchschlagskraft. In der 42. Minute stockte den Bayern-Fans jedoch der Atem, als Marcelinho nach einer Flanke von der rechten Seite durch Marx völlig freistehend vor Kahn auftauchte. Allerdings kam der Brasilianer einen Schritt zu spät, so dass es ohne Tore in die Kabinen ging.
Ohne personelle Änderungen betraten beide Teams wieder den Rasen in der Allianz Arena. Und das Magath-Team eröffnete den zweiten Durchgang mit einem Paukenschlag. Keine 120 Sekunden waren gespielt, als van Burik Ballack kurz vor dem Strafraum foulte. Den fälligen Freistoß aus 18 Metern zentraler Position verwandelte Ballack selbst zur Führung für den FC Bayern. Allerdings hatte der Nationalspieler das Glück auf seiner Seite, denn der Schuss wurde von Friedrich unhaltbar für Tremmel abgefälscht.
Hertha-Coach Götz reagierte auf den Rückstand und brachte nach 56 Minuten mit Okoronkwo einen zusätzlichen Stürmer, Kovac musste das Feld verlassen. Pech hatte Götz allerdings mit seiner zweiten Einwechslung: U-20-Nationalspieler Boateng verletzte sich bei seiner ersten Aktion und musste gegen Samba ausgetauscht werden. Dennoch wurden die Herthaner nun offensiver, was wiederum den Bayern mehr Platz für Konter bot.
Trotz verstärkter Bemühungen blieb das Angriffsspiel der Herthaner weitgehend harmlos. Distanzschüsse von Bastürk (55.) und Samba (71.) blieben die einzigen Möglichkeiten. Bayern München strahlte in der Schlussphase sogar mehr Gefährlichkeit aus - ein wuchtiger Kopfball von Lucio nach Deisler-Ecke streifte in der 76. Minute nur knapp über den Querbalken des Hertha-Tores. Und der eingewechselte Publikumsliebling Scholl machte für die Bayern in der 85. Minute den Sack zu: Der 34-Jährige köpfte eine genau getimte Ballack-Flanke zum 2:0 in die Maschen ein. Und es kam sogar noch dicker für die Hertha: Makaay narrte mit einem Solo die halbe Hertha-Abwehr und ließ auch Tremmel mit einem Rechtsschuss keine Abwehrmöglichkeit (87.).
Der FC Bayern München kam gegen Hertha BSC zu einem 3:0-Erfolg und feierte den 500. Heimsieg in der Bundesliga. Lange Zeit tat sich der deutsche Rekordmeister gegen eine über weite Strecken harmlose Berliner Mannschaft sehr schwer. Erst zwei späte Tore durch Scholl (85.) und Makaay (87.) sicherten in der Schlussphase den dritten Sieg in Folge. Bayern bleibt damit weiterhin Tabellenführer.