Zum Saisonabschluss beließ es Bayern-Coach Felix Magath bei zwei personellen Änderung gegenüber dem 1:1 in Kaiserslautern . Nach abgesessener Gelbsperre kehrte Englands WM-Teilnehmer Hargreaves ins Team zurück. Ottl, auf dem Betzenberg noch Schütze des Ausgleichstreffers, rückte wieder ins zweite Glied. Zudem kam Ismael für Demichelis zum Einsatz. Borussen-Trainer Bert van Marwijk hatte nach dem 1:1 gegen Frankfurt mit großen Personalsorgen zu kämpfen. Insgesamt vier Neue brachte der Holländer, besonders in der Defensive drückte der Schuh. Nachdem Wörns gesperrt ohnehin bereits fehlte, konnten auch Metzelder (Muskelfaserriss), Kehl (Kapselriss) und Rosicky (Gelb-Sperre) nicht auflaufen. Da auch die potenziellen Vertreter in der Innenverteidigung, Hünemeier und Heitmeier, nicht einsatzbereit waren, stellte van Marwijk Dede in die Mitte neben Brzenska, Kringe übernahm die linke Außenposition. Zudem lief ein komplett neu gebildetes Junioren-Mittelfeld mit Kruska (18 Jahre), Sahin (17) und Caliskan (19) auf. Im Angriff erhielt Koller in seiner letzten Partie für den BVB den Vorzug vor Amoah.
Die Schwarz-Gelben schienen schon früh auf dem richtigen Weg zu sein. Gerade einmal gut 60 Sekunden waren gespielt, da zappelte das Leder bereits im Bayern-Tor. Sahin suchte und fand mit einer Flanke aus dem Halbfeld Koller, der die Kugel aus zehn Metern per Kopf unten rechts ins Netz setzte. Kahn brachte zwar noch eine Hand an den Ball, konnte das frühe Gegentor aber nicht verhindern. Der schwungvolle Beginn der Gäste erhielt jedoch schnell einen herben Dämpfer. Der aufgerückte Lucio wurde bei einem Gang durchs Mittelfeld nicht angegriffen. Am Strafraum steckte der Brasilianer durch zu Makaay, der aus der Drehung vorbei an Gentenaar zum 1:1 einschoss (6.) Nur drei Minuten später hätte der Niederländer bereits die Führung erzielen können. Nach Pass von Ballack stand der 31-Jährige frei vor dem Gäste-Tor, ließ das Leder aber über den rechten Außenspann rutschen und vergab diese Großchance (9.). Dortmund zog sich in der Folge weiter zurück. Tief in der eigenen Hälfte erwarteten die Westfalen die Hausherren, die versuchten, mit schnellem Kurzpassspiel zum Erfolg zu kommen. Erst nach 33 Minuten ergab sich aber eine weitere Chance für den alten und neuen Meister. Nach einem Solo von Santa Cruz kam Makaay aus 16 Metern zum Schuss. Der Torjäger traf die Kugel jedoch nicht sauber, so dass sie rechts am Tor vorbei trudelte. Gegen Ende der ersten Hälfte wurden die Borussen wieder aktiver. Nach einem weiten Einwurf von Degen ergab sich die Chance zur überraschenden Führung. Koller verlängerte und Smolarek spitzelte die Kugel aufs Tor. Kahn tauchte ab und wehrte mit einer starken Reaktion ab (39.). Wie schon zu Spielbeginn erlebten die Zuschauer auch nach dem Wiederanpfiff keine Abtastphase. Zunächst sorgte Odonkor mit einem Vorstoß über die rechte Seite für Aufregung, sein Querpass geriet aber zu ungenau (46.). Die bessere Antwort hatten die Münchner parat. Einen weiten Pass von Sagnol nahm Schweinsteiger auf. Bis zum Sechzehner wurde der 21-Jährige nicht angegriffen und ließ Gentenaar mit einem Schuss ins linke untere Eck keine Abwehrchance (48.). Kaum war der Jubel verklungen, erhöhten die Hausherren bereits auf 3:1. Diesmal war es Ballack, der nach einer Kombination durchs Mittelfeld aus 19 Metern einschoss (50.). Demonstrativ versammelten sich die Bayern um den scheidenden Mittelfeldstar, der bei seiner Verabschiedung deutliche Pfiffe hinnehmen musste. Mit dem 3:1 schien die Partie entschieden, doch aus dem Nichts kam der BVB dank eines Fehlers von Lucio noch einmal heran. Gegen den nachsetzenden van der Gun verlor der FCB-Verteidiger am eigenen Strafraum das Leder. Degen nutzte die Möglichkeit und drosch den Ball zum Anschlusstreffer unter die Latte (64.). Gegen eine unkonzentrierte Bayern-Abwehr gelang den Gästen sogar noch mehr. Sahin hob den Ball in den Sechzehner, wo Koller - von der Innenverteidigung der Süddeutschen nicht beachtet – unhaltbar für Rensing per Kopf seinen zweiten Treffer erzielen konnte (76.). Trotz des engen Spielstandes blieb die Partie auch in der Endphase jederzeit fair. Locker spielten beide Mannschaften ihr Pensum runter, obwohl der BVB mit einem Erfolg noch die Aussicht auf eine UI-Cup-Teilnahme hatte.
In einem abwechslungsreichen Spiel sorgten die Akteure für beste Unterhaltung. Durch das 3:3-Unentschieden verpassten die Dortmunder die Qualifikation für einen internationalen Wettbewerb.