Pfaff kam 1982/83 zum FC Bayern und hatte ein denkbar unglückliches Debüt, als er am 21. August 1982 im Bremer Weserstadion einen Einwurf von Uwe Reinders fatalerweise ins eigene Netz abfälschte. Ohne Pfaffs Berührung hätte das Tor nicht gegolten. Die Bayern verloren damals 0:1 - und die Bundesliga war um einen skurrilen Treffer reicher.
In den folgenden sechs Jahren sollte es dann aber weitaus besser laufen für die belgische Torhüterlegende, die in der Bundesliga 156-mal das Tor des deutschen Rekordmeisters hütete.
Während dieser Zeit gab es auch immer mal wieder den einen oder anderen Strafstoß, der gegen Bayern gepfiffen wurde. Davor war dem FCB aber gewiss nicht angst und bange, hatte man doch einen ausgewiesenen "Elfmeterspezialisten" hinten drinstehen. 67 Prozent aller Elfmeter gegen Jean-Marie Pfaff wurden nicht verwandelt (10 von 15) - kein anderer Bundesliga-Keeper, der mindestens zehn Elfmeter gegen sich hatte, kommt auf eine solche Quote.
Pfaff gewann in seiner Zeit beim FCB drei deutsche Meisterschaften (1985-1987) und zweimal den DFB-Pokal (1983, 1987). Individuelle Preise sammelte der Vize-Europameister von 1980 ebenso: 1983 wurde er vom kicker zum Torhüter des Jahres gewählt, 1987 war er Welttorhüter.
