Im Vergleich zum Hinspiel in Prag (0:0) kehrte Kapitän Nesta für Seedorf in Milans Startformation zurück. Prags Trainer Jiri Kotrba änderte sein Team ebenfalls auf einer Position. Für Gluscevic nominierte er den defensiveren Sivok. Der ehemalige Hannoveraner Stajner agierte als einzige Spitze.
Milan dominierte das Spiel von Beginn an, ohne allerdings zu glänzen. Die Tschechen konzentrierten sich auf die Defensive und ließen dem Titelverteidiger kaum Raum zum Kombinieren. Lediglich ein Abseitstor von Shevchenko, das Schiedsrichter Dr. Merk nicht anerkannte, sprang für die Lombarden heraus. Sparta wurde erst nach einer halben Stunde etwas mutiger und wagte sich vereinzelt nach vorne. Mehr als einen Schuss aus der zweiten Reihe von Hübschmann, der Dida vor keine größeren Probleme stellte, konnten die Prager aber nicht vorweisen. In den letzten Minuten vor dem Wechsel legte Milan endlich eine Schippe drauf und vergab durch Ambrosini nach Pancaro-Flanke von links eine tolle Möglichkeit zur Führung. Die besorgte dann Goalgetter Inzaghi in der Nachspielzeit. Cafu hatte sich auf der rechten Bahn schön durchgesetzt und in die Mitte geflankt, wo Inzaghi mit dem Kopf zur Stelle war.
Nach der Pause änderte sich zunächst wenig: Milan dominierte, ohne klare Chancen herauszuspielen, und Prag machte zu wenig nach vorne. Aber nach einer knappen Stunde wurde der Spielverlauf plötzlich auf den Kopf gestellt. Völlig überraschend kam Sparta zum Ausgleich. Auf links ließ Nesta Michalik flanken und in der Mitte war der erst kurz vorher eingewechselte Jun schneller als Maldini. Der 21-Jährige markierte mit seiner ersten Ballberührung den Ausgleich.
Die Freude der Tschechen währte aber nicht lange, bereits in der 66. Minute schlug der Champion zurück. Pancaro flankte von links, Labant ließ in der Mitte Shevchenko aus den Augen und der Ukrainer köpfte die erneute Führung für Milan. Nach tollem Steilpass von Kaka sorgte Shevchenko mit seinem zweiten Treffer für die Entscheidung (79.). Den Schlusspunkt setzte Gattuso mit seinem Treffer zum 4:1.
Der AC Mailand qualifizierte sich für das Viertelfinale, ohne allerdings restlos zu überzeugen. Gegen die defensiv eingestellten Tschechen hatte der Titelverteidiger lange Zeit Mühe, zu klaren Chancen zu kommen. Das treffsichere Sturmduo Inzaghi und Shevchenko sorgte aber für den letztlich hoch verdienten Erfolg für den Titelverteidiger.