| Platz | Verein | Spiele | Tordifferenz | Punkte |
| 1 | Bayern München II | 307 | 333 | 602 |
| 2 | 1. FC Nürnberg II | 331 | 130 | 523 |
| 3 | FV Illertissen | 332 | 59 | 509 |
| 4 | TSV Buchbach | 333 | -1 | 466 |
| 5 | FC Augsburg II | 333 | 52 | 449 |
| 6 | 1. FC Schweinfurt 05 | 292 | 53 | 420 |
| 7 | SpVgg Greuther Fürth II | 333 | -65 | 401 |
| 8 | Wacker Burghausen | 257 | 59 | 386 |
| 9 | FC Memmingen | 306 | -52 | 382 |
| 10 | SpVgg Bayreuth | 235 | 53 | 366 |
| 11 | FC Ingolstadt 04 II | 246 | 60 | 354 |
| 12 | 1860 München II | 176 | 107 | 324 |
| 13 | SV Schalding-Heining | 270 | -144 | 313 |
| 14 | Viktoria Aschaffenburg | 229 | -51 | 282 |
| 15 | TSV 1860 Rosenheim | 241 | -146 | 269 |
| 16 | SpVgg Unterhaching | 129 | 144 | 260 |
| 17 | SV Heimstetten | 228 | -116 | 256 |
| 18 | Würzburger Kickers | 131 | 94 | 235 |
| 19 | VfB Eichstätt | 156 | 18 | 229 |
| 20 | TSV Rain/Lech | 195 | -134 | 198 |
| 21 | SV Seligenporten | 178 | -105 | 192 |
| 22 | VfR Garching | 158 | -68 | 189 |
| 23 | FC Pipinsried | 131 | -81 | 147 |
| 24 | TSV Aubstadt | 86 | 37 | 133 |
| 25 | FC Eintracht Bamberg 2010 | 108 | -37 | 124 |
| 26 | SpVgg Bayern Hof | 108 | -95 | 88 |
| 27 | TSV 1860 München | 36 | 60 | 83 |
| 28 | SC Eltersdorf | 76 | -49 | 80 |
| 29 | Jahn Regensburg | 34 | 25 | 64 |
| 30 | Türkgücü München* | 22 | 5 | 36 |
| 31 | FC Ismaning | 38 | -10 | 36 |
| 32 | VfL Frohnlach | 38 | -24 | 35 |
| 33 | SpVgg Ansbach | 23 | -8 | 30 |
| 34 | DJK Vilzing | 22 | -15 | 29 |
| 35 | FC Amberg | 34 | -21 | 29 |
| 36 | SpVgg Hankofen-Hailing | 22 | -16 | 26 |
| 37 | FC Unterföhring | 36 | -51 | 20 |
Stand Winterpause 2022/23
*Bei Türkgücü München wurden die Spiele der durch die Corona-Pandemie erst verlängerten und später abgebrochenen sowie annullierten Saison 2019/21 nicht berücksichtigt.
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