Vor 4 765 Zuschauern im Hermann-Löns-Stadion vertraute Paderborns Coach Pavel Dotchev exakt der Elf, die am vergangenen Samstag mit 2:0 bei Union Berlin erfolgreich war. Auf Seiten der Duisburger nahm Trainer Norbert Meier dagegen drei Veränderungen gegenüber der 0:1 -Niederlage bei 1860 München vor. In der Abwehrkette nahm Pavel Drsek den Platz von Alexander Meyer ein, im Mittelfeld löste Dietmar Hirsch Alexander Voss ab und im Sturm bekam der Ex-Gladbacher Peter van Houdt den Vorzug vor Abdelaziz Ahanfouf.
Der Tabellenzweite der Regionalliga Nord gegen den Tabellenzweiten der Zweiten Bundesliga: Auf dem Papier eine klare Angelegenheit. Doch die "Zebras" mussten nur wenige Tage nach der Niederlage bei den "Löwen" die zweite Schlappe in Serie hinnehmen. Die Paderborner, die in Runde Eins bereits sensationell den HSV mit 4:2 ausgeschaltet hatten, waren von Beginn an die bessere Mannschaft und gingen in der 34. Minute durch Alexander Löbe mit 1:0 in Führung. Kurz vor der Pause konnte der MSV jedoch zurückschlagen, Markus Kurth markierte den Ausgleich (43.). Wer gedacht hatte, der Zweitligist könne das Spiel nun in den Griff bekommen, sah sich in der zweiten Halbzeit getäuscht. Es war wiederum der Regionalligist, der ein ums andere Mal gefährlich vor das Tor des MSV kam. In der 54. Minute brachte Guido Spork die Ostwestfalen mit einem Freistoß zum 2:1 auf die Siegerstraße. Derselbe Spieler hatte dann in der 59. Minute die Chance alles klar zu machen, doch Duisburgs Torhüter Georg Koch konnte den Foulelfmeter des 29-Jährigen parieren. Die "Zebras" konnten sich auch im weiteren Verlauf der Partie kaum Chancen erarbeiten und zeigten eine enttäuschende Leistung. Zudem sah Spielmacher Ivica Grlic in der 90. Minute die Gelb-Rote Karte wegen Meckerns. Paderborn erreichte damit verdient und erstmals in seiner Vereinsgeschichte das Achtelfinale.