Nach dem 1:1 bei Hertha BSC Berlin änderte Trainer Klaus Toppmöller seine Startelf auf drei Positionen. In der Abwehr wurde der angeschlagene Sebescen durch Zivkovic vertreten, im Mittelfeld ersetzte Babic Ojigwe und Berbatov stürmte an Stelle von Franca. Bei Olympiakos nahm der neue Coach Giannis Kollias gegenüber dem 6:2-Sieg aus dem Hinspiel ebenfalls drei Änderungen vor: Mavrogenidis, Dracena und Chutos spielten für Zé Elias, Zetterberg und Giovanni.
Bayer Leverkusen machte von Beginn an deutlich, dass es gewillt war, vor eigenem Publikum die Zwischenrunde zu erreichen. Die Männer von Trainer Klaus Toppmöller ergriffen gleich die Initiative und gingen engagiert zu Werke. Lauffreudig, zweikampfstark und offensiv präsentierte sich Bayer. Der Lohn für die Bemühungen war die frühe Führung durch Juan, der nach Lucio-Pass mit einem Distanzschuss aus rund 20 Metern traf (14.).
Doch der griechische Serienmeister wollte sich in der BayArena nicht kampflos ergeben. Nur kurz nach dem Rückstand wechselte Trainer Kollias den brasilianischen Stürmer Giovanni ein. Leverkusen überließ nun Olympiakos zum größten Teil das Mittelfeld und wartete auf Konter. Trotz vielversprechender Ansätze im Mittelfeld brachte Piräus das Tor von Leverkusen kein einziges Mal in Gefahr, zu harmlos präsentierte sich der Sturm der Griechen. Leverkusen schaffte es nur einmal, einen Konter auszuspielen, aber Balitsch wurde nach 36 Minuten von Dracena im Strafraum unsanft gebremst. Doch Schiedsrichter Trentalange sah kein Foul und entschied auf Eckball.
Nach dem Seitenwechsel blies Kollias zur Aufholjagd und wechselte mit Zetterberg einen weiteren offensiven Spieler ein. Doch nicht Piräus spielte zunächst nach vorne, sondern Leverkusen, dass die sich nun bietenden Räume glänzend nutzte. Und endlich konnte sich Bayer auch Chancen erarbeiten. Doch Berbatov hatte Pech, als er mit einem Schuss lediglich die Querlatte des Olympiakos-Gehäuses traf (57.), und Bastürk fand nur kurze Zeit später mit einem Distanzschuss seinen Meister in Keeper Eleftheropoulos (61.).
Danach zogen sich die Männer von Trainer Klaus Toppmöller wieder etwas zurück. Doch der Angriff von Olympiakos, das lediglich nominell offensiver agierte, versprühte auch in Hälfte zwei wenig Gefahr. Zwar kombinierten die Griechen im Mittelfeld äußerst gefällig, doch spätestens am Strafraum waren die Angreifer meist mit ihrem Latein am Ende.
Leverkusen dominierte im zweiten Abschnitt deutlicher als in Hälfte eins. Doch da Bayer etliche Möglichkeiten (Simak) ausließ, musste kurz vor Spielende ein Strafstoß die Entscheidung bringen, als Berbatov im Strafraum umgestoßen wurde. Kapitän Schneider ließ sich die Chance nicht entgehen und verwandelte den Foulelfmeter sicher (90.).
Bayer Leverkusen siegte im Endspiel gegen Olympiakos Piräus verdient mit 2:0. Die Schützlinge von Trainer Klaus Toppmöller agierten gegen enttäuschende Griechen über weite Strecken hoch überlegen, ließen aber zu viele Möglichkeiten ungenutzt.