Bereits im September 2010 wurde Mosquera während der Vuelta positiv auf das Mittel HES getestet. HES ist ein Maskierungsmittel und hat selbst keine leistungssteigernde Wirkung, wird aber eingesetzt, um EPO- oder Blutdoping zu verschleiern.
Damals fuhr Mosquera noch für die Equipe Xacobeo-Galicia. Auch sein damaliger Teamkollege David Garcia wurde die Einnahme von HES nachgewiesen.
Der spanische Verband, der in Sachen Dopingverfolgung einen eher zweifelhaften Ruf genießt, ließ sich auch im Fall Mosqueras viel Zeit. Erst 13 Monate nach seiner positiven Probe wurde er endlich für zwei Jahre gesperrt.
Obwohl der Spanier also unter Dopingverdacht stand, stattete ihn das Team Vacansoleil-DCM mit einem Vertrag aus. Allerdings setzten die Niederländer den Kletterer in der Saison 2011 nicht ein. Nach dem Urteil des spanischen Verbandes griffen nun die teaminternen Statuten, die eine Suspendierung vorsehen.
Ezequiel Mosquera nahm fast ausschließlich an Rennen auf der iberischen Halbinsel teil, ansonsten machte er sich sehr rar. Dementsprechend feierte er seine größten Erfolge bei der Vuelta. 2007 und 2009 beendete er die Spanien-Rundfahrt jeweils als Fünfter, 2008 wurde er Vierter und 2010 dann Zweiter in der Gesamtwertung und Dritter in der Bergwertung. Durch das gefällte Urteil dürften die letzten Ergebnisse aber aus den Listen gestrichen werden.