Beim FC Sevilla brachte Coach Juan de la Cruz Ramos nach dem torlosen Remis im Hinspiel Aitor Ocio, Adriano und Luis Fabiano. Puerta saß nur auf der Bank. Javi Navarro musste eine Gelbsperre absitzen und Kanoute wurde im Hinspiel nach einer Verletzungspause zu früh wieder eingesetzt und musste passen.
Mirko Slomka stellte seine Mannschaft im Vergleich zum 0:0 in Bremen nur auf einer Position um. Asamoah kam für Hamit Altintop von Beginn an. Allerdings fehlte der bei Werder wegen Sprunggelenksproblemen pausierende Krstajic auch gegen Sevilla auf Grund einer Rotsperre.
Sevilla begann in den ersten Minuten unheimlich druckvoll und gab bereits nach 30 Sekunden einen ersten Warnschuss durch David ab, der das Tor allerdings verfehlte. Die Defensive der Schalker wirkte in dieser hektischen Anfangsphase etwas fahrig. Bei eigenem Ballbesitz versuchten sie das Tempo etwas herauszunehmen und die Spanier aus der Deckung zu locken. Gegen die aggressiv verteidigenden Spanier hatte die Slomka-Elf aber zunächst ihre Probleme. Erst ein Vorstoß über rechts brachte eine erste Torraumszene. Die Flanke von Ernst war aber zu nahe vors Gehäuse von Palop geschlagen, so dass der Keeper vor Kuranyi am Ball war (16.).
Nach dem stürmischen Beginn hatte sich die Abwehrreihe besser auf die Spanier eingestellt und stoppte Sevilla meist schon vor dem Strafraum. Die Spieler orientierten sich bei Ballgewinn allerdings dann zu langsam nach vorne, so dass der Gegner Zeit hatte sich zu organisieren.
Das Spiel blieb auch in der Folge hektisch, die ganz großen Möglichkeiten blieben jedoch auf beiden Seiten aus. Sevilla blieb vor allem durch lange Bälle vors Tor gefährlich, war im Abschluss allerdings zu ungenau. So schlug beispielsweise Jesus Navas einen Freistoß an den Fünfmeterraum, Saviola verfehlte nur um Zentimeter, so dass Rost sicher aufnehmen konnte, andernfalls wäre er wohl geschlagen gewesen (32.). Beide Teams lieferten sich bis zur Pause vor allem im Mittelfeld einen großen Kampf, ohne dass sich die Gelsenkirchener noch entscheidend in der Offensive durchsetzen konnten.
Ohne personelle Veränderungen gingen beide Mannschaften die zweite Spielhälfte an. Und wieder dauerte es nur eine knappe Minute bis Sevilla den ersten Schuss abgab. In zentraler Position zog Saviola aus 20 Metern ab, Rodriguez ging dazwischen und fälschte zur Ecke ab. In der Offensive bei S04 das gleiche Bild: in der Spitze fanden sich keine Anspielstationen, weil zu wenig Bewegung bei den Offensivkräften war. Anders die Ramos-Elf, die den Druck erhöhte und auf ein Tor drängte.
Nach 60 Minuten konnten sich die Schalker etwas befreien. Zu oft versuchte man es mit hohen Flanken, die allesamt von der Defensive abgefangen wurden. Sevilla war jetzt nicht mehr so druckvoll, Torchancen waren fortan keine mehr zu sehen. In der Schlussphase wurden beide Teams vorsichtiger, niemand wollte mehr ein Gegentor riskieren, so dass es in die Verlängerung ging.
Schalke verlor weiterhin zu viele Bälle in der Vorwärtsbewegung. Die Folge harmloser Gäste war dann die Führung der Heimelf. Von der rechten Außenbahn flankte Jesus Navas quer über das Feld auf Puerta. Am linken Strafraumeck nahm er den Ball volley und setzte ihn neben den rechten Pfosten ins Netz (101.).
Schalke war bemüht und kam jetzt auch zu Möglichkeiten. Zunächst köpfte Varela aufs Tor, Keeper Palop konnte auf der Linie klären. Wenig später hatte Bordon noch eine Kopfballchance, aber auch er scheiterte am Torhüter.
Nach großem Kampf beider Teams und 120 Minuten unterlag Schalke beim FC Sevilla. Durch ein Tor von Puerta in der Verlängerung ziehen die Spanier letztlich verdient ins Finale am 10. Mai in Eindhoven ein. Die Slomka-Elf war über die gesamte Spielzeit zu harmlos und erarbeitete sich zu wenig Tormöglichkeiten, weil die Defensive der Spanier souverän agierte. In der Offensive war Sevilla agiler und gefährlicher als Schalke.