Beim FC Bayern gehört Neuer zu den absoluten Leistungsträgern im Team. Für die Münchner hat er bislang 157 Ligaspiele bestritten und damit eines mehr als für seinen Ex-Klub Schalke 04, der für den Wechsel ca. 30 Millionen Euro vom FCB überwiesen bekam. Zuvor hatten die Münchner bereits die Verträge mit Thomas Müller, Jerome Boateng, Javi Martinez und David Alaba bis ins Jahr 2021 verlängert.
"Ich fühle mich sehr wohl beim FC Bayern und bin froh, dass wir das jetzt unter Dach und Fach gebracht haben", sagte Neuer nach der Unterschrift. "Wir sind jetzt noch überall im Titelrennen dabei und haben große Chancen, dieses Jahr viel mitzunehmen. Das ist unser großes Ziel jetzt kurzfristig, aber auch in den nächsten Jahren. Ich freue mich auf die Zukunft beim FC Bayern." Vorstandschef Karl-Heinz Rummenigge teilte die Begeisterung: "Er ist der beste Torhüter der Welt und wir sind total zufrieden mit seinen Leistungen. Manuel ist eine Bank im Tor und wir sind glücklich, dass er sich entschieden hat, beim FC Bayern zu bleiben und einen neuen Vertrag zu unterschreiben. Wir haben jetzt alle Leistungsträger sehr, sehr langfristig an den FC Bayern gebunden. Die Fans brauchen sich keine Sorgen um die Zukunft machen."
Als Neuer im Jahr 2011 wechselte, wurde er nicht gerade mit offenen Armen empfangen, viele Bayern-Fans wollten den gebürtigen Gelsenkirchener und Ur-Schalker Neuer nicht akzeptieren. Die Initiative "Koan Neuer!", verbunden mit dem Hinweis, "Mia ham scho Kraft" (gemeint war der damalige Stammtorhüter und jetzige Hertha-Keeper Thomas Kraft), ließ daran keinen Zweifel. Besonders die Ultra-Gruppierungen des FCB lehnten Neuer ab, erlegten ihm sogar Benimmregeln auf. So sollte Neuer zum Beispiel nie sein Trikot in die Kurve werfen, geschweige denn sich der Südkurve nähern.
Neuer steckte den Trubel um seine Person jedoch weg und zeigte starke Leistungen. Der Weltmeister von 2014 wurde mit dem FCB dreimal Deutscher Meister, zweimal Pokalsieger und gewann im Jahr 2013 Champions League und Klub-WM.
