Der AC Mailand ging die Partie gegenüber dem 2:1-Erfolg im Münchner Olympiastadion auf zwei Positionen verändert an. Milan-Coach Carlo Ancelotti ließ Gattuso draußen, und Rivaldo konnte aus privaten Gründen nicht spielen. Ambrosini und Serginho standen dafür in der Startelf. Bayern-Trainer Ottmar Hitzfeld vertraute in diesem für die Münchner vorentscheidenden Spiel auf das Team, das in Rostock beim 1:0 insgesamt zu überzeugen wusste. Lediglich der verletzte Hargreaves (Verhärtung im Oberschenkel) musste ersetzt werden, für ihn lief Salihamidzic auf der linken Außenbahn auf.
Mailand begann das Spiel im heimischen Giuseppe-Meazza-Stadion aus einer kompakten Deckung und überließ dem FC Bayern die Initiative. Die Münchner wussten daraus kein Kapital zu schlagen, fanden nur schwer ins Spiel und hatten zudem Glück, dass Kahn nach einem tollen Pass von Serginho einen Schritt schneller am Ball war als Rui Costa. Die Hitzfeld-Elf war noch nicht richtig im Spiel, da fiel das 1:0 für Milan. Ballack war 25 Meter vor dem Tor ausgerutscht, so dass Seedorf an den Ball kam. Der Niederländer schaltete schnell und bediente mustergültig Serginho, der Kahn im Bayern-Tor mit einem Außenrist-Schuss ins linke untere Eck keine Abwehrmöglichkeit ließ (11.). Bayern war geschockt, die kombinations- und ballsichere Ancelotti-Elf hatte zunächst das Geschehen im Griff. Nach einer Viertelstunde gab Elber dann das Zeichen zum Aufbruch für die Bayern. Der Brasilianer setzte sich im Mittelfeld durch, scheiterte aber mit einem Schuss von der Strafraumlinie. Besser machte es in der 23. Minute Tarnat. Schön von Elber in Szene gesetzt hämmerte der Abwehrspieler den Ball aus elf Metern halblinker Position in den linken Winkel.
Die Münchner nun noch engagierter, versuchten nachzulegen, richtig gefährlich wurde es vor dem Tor der Mailänder aber nicht. Lediglich Salihamidzic hätte nach einem weiten Flankenwechsel von Ballack die Führung erzielen können, doch der Bosnier schoss den Ball aus spitzem Winkel Dida in die Arme. Das Spiel verlor in der Folge etwas an Fahrt, viele Aktionen spielten sich im Mittelfeld ab. Die Abwehrreihen beider Teams ließen bis zur Pause keine nennenswerten Chancen mehr zu.
Mailand kam druckvoll aus der Kabine und Bayern hatte Glück, dass die Pfeife von Schiedsrichter Lubos Michel in der 50. Minute nach einem ungeschickten Einsteigen von Sagnol gegen Serginho im Strafraum stumm blieb. Nur eine Minute später dann eine Hiobsbotschaft für Coach Ottmar Hitzfeld: Nationaltorhüter Kahn hatte sich verletzt (Muskelfaserriss) und musste das Feld verlassen.
Das Spiel litt daran, dass sich beide Teams bei Ballbesitz des Gegners weit zurückzogen, die Stürmer sich dadurch nicht entscheidend in Szene setzen konnten. So war es wieder einmal Inzaghi, der, als das Spiel so dahin plätscherte, eiskalt zuschlug. Stark abseitsverdächtig war der Milan-Torjäger nach einem Pass von Rui Costa einen Schritt schneller als Robert Kovac und bugsierte den Ball mit dem rechten Außenrist an Wessels vorbei ins Tor (64.).
Bayern-Coach Hitzfeld reagierte und brachte Scholl und Santa Cruz für die blass gebliebenen Salihamidzic und Pizarro. Der deutsche Rekordmeister nun mit dem Rücken zur Wand entschlossener und mit Chancen. In der 70. Minute spitzelte Kuffour eine Kopfballverlängerung von Ballack aus kurzer Distanz über das Tor, nur fünf Minuten später landete ein Elber-Kopfball an der Latte. Auch Sagnol hatte in der 76. Minute kein Glück, denn sein Schuss von der Strafraumlinie ging um Zentimeter am linken Pfosten vorbei. Die große Schlussoffensive der Hitzfelf-Elf blieb in der letzten Viertelstunde aus.
Der FC Bayern kassierte gegen einen keineswegs überzeugenden AC Mailand eine durchaus vermeidbare Niederlage. Wieder war es Inzaghi, der den Münchnern den Todesstoß versetzte. Allerdings hat der deutsche Rekordmeister auch nach dieser Niederlage immer noch eine, wenn auch nur theoretische Chance auf die Zwischenrunde. Der AC Mailand dagegen hat das Ticket für die Zwischenrunde mit diesem Erfolg bereits gelöst.