Meißner war im Sommer 2012 von Mainz 05 zur Borussia gewechselt und kam als Kapitän der BVB-Reserve in der abgelaufenen Spielzeit auf 36 Einsätze (kicker-Note 3,29). Insgesamt absolvierte er in den beiden vergangenen Spielzeiten 70 Partien für die Dortmunder U 23. Sowohl in Mainz als auch in Dortmund hat er bereits regelmäßig am Trainingsbetrieb der Profis teilgenommen.
"Thomas ist als Kapitän einer der Leader in Borussias U 23 und bringt für sein Alter schon sehr, sehr viel Drittliga-Erfahrung mit. Für mich war er einer der besten Innenverteidiger der vergangenen Spielzeit. Unser Chefscout Dieter Mertens verfolgt seinen Weg schon seit Jahren, wir freuen uns, dass er jetzt zu uns kommt" kommentierte MSV-Sportdirektor Ivo Grlic den Transfer auf der Website der Duisburger.
