Auf der 5. Etappe über 182,5 Kilometer von Chablis nach Autun machten sich etliche Fahrer Hoffnungen, mit einem Ausreißversuch erfolgreich zu sein. Am Ende hatten aber einmal mehr die Sprinter das letzte Wort. Dieses Mal war es Filippo Pozzato, der sich den Tagessieg im Massenspurt vor Oscar Freire sicherte. Erik Zabel übernahm durch seinen fünften Platz das Grüne Trikot. Pech hatte Alexander Winokurow, der durch einen Sturz über eine Minute einbüßte.