Bielefelds Trainer Uwe Rapolder nahm nach dem 1:1 am Wochenende in der Liga bei Borussia Dortmund eine Umstellung vor: Porcello rückte für Duro in die Mannschaft. Bayern-Coach Felix Magath änderte seine Mannschaft nach dem 1:0 am Samstag in Hannover auf zwei Positionen: Lizarazu kehrte nach überstandener Grippe für Salihamidzic auf die linke Seite der Vierer-Abwehrkette zurück, Ballack übernahm nach auskurierter Oberschenkelprellung den zentralen Part im Mittelfeld, Zé Roberto musste weichen, Frings rutschte auf die linke Seite.
Die Zuschauer in der ausverkauften Schüco-Arena erlebten einen turbulenten Auftakt. Der FC Bayern ging aggressiv und konzentriert zu Werke und hatte bereits in der zweiten Minute durch Frings eine gute Schusschance. Konnte der Ball da noch abgeblockt werden, so lag er nur eine Minute später im Netz des Arminen-Tores. Bei einem Eckball von Schweinsteiger von der rechten Seite fühlte sich niemand für Ballack zuständig, der aus kurzer Distanz das Leder per Kopfball-Aufsetzer zum 1:0 über die Linie drückte. Bielefeld zeigte sich trotz des frühen Rückstandes nicht geschockt und hatte in der sechsten Minute die große Ausgleichschance. Buckley konnte den Ball aber am linken Fünfmetereck nicht richtig unter Kontrolle bringen und fand in FCB-Schlussmann Kahn seinen Meister. Bei der anschließenden Ecke köpfte Gabriel um Zentimeter am rechten Pfosten vorbei. Die Partie wurde auch in der Folge mit hohem Tempo und leidenschaftlichem Einsatz geführt, Bielefeld dabei mit leichten Vorteilen. Zudem musste Felix Magath seine Defensive nach einer Verletzung von Kovac (Wadenprellung) umstellen. Demichelis rückte in die Innenverteidigung, Frings zentral vor die Abwehr und Salihamidzic kam neu ins Spiel. Nach einem Pass von Ballack ließ Makaay den Ball geschickt durch die Beine, doch Salihamidzic verpasste mit seiner ersten Ballberührung das 2:0. Arminen-Keeper machte sich lang und konnte den Schuss des frei vor ihm auftauchenden Bayern-Akteurs parieren. Bielefeld weiter mit variablen Offensivspiel, hatte nach einer Freistoßflanke von Dammeier die große Ausgleichschance, doch Borges köpfte um Zentimeter am rechten Pfosten vorbei (29.). In der Folge verlor die bis dahin hochinteressante Begegnung etwas an Fahrt, weil beide Teams im Mittelfeld den Gegner aggressiv störten, sich dadurch die Fehlpässe immer mehr häuften. Außer einem Torschuss von Makaay gab es in der zunehmend ruppiger werdenden Partie bis zur Pause nur noch einen Höhepunkt, doch einem Tor von Demichelis wurde auf Grund einer Abseitsstellung die Anerkennung verweigert (45.). Die Anfangsphase im zweiten Durchgang gehörte der heimischen Arminia. Die Münchner agierten zu nachlässig, ließen sich weit zurückdrängen und griffen die DSC-Angreifer am eigenen Strafraum zu spät an. So musste National-Torwart Kahn in der 51. Minute sein ganzes Können aufbieten, um einen Schuss von Schuler vom linken Strafraumeck zu entschärfen. Nur zwei Minuten später konnte Buckley unbedrängt aus 20 Metern abziehen, doch der Schuss des Südafrikaners flog knapp am rechten Pfosten vorbei. Die Rapolder-Elf drängte weiter auf den Ausgleich und wäre in der 66. Minute fast belohnt worden, doch erneut war Kahn mit einer Glanzparade Endstation bei einem Skela-Schuss aus 18 Metern. Der Rekordmeister gab in der 67. Minute das erste Lebenszeichen in Hälfte zwei ab, ausgelöst durch den eingewechselten Zé Roberto. Der legte zurück auf Makaay, doch der Niederländer scheiterte aus elf Metern an Hain im DSC-Gehäuse. Die Magath-Elf kam nun wieder zurück ins Spiel und hatte vor allem die besseren Chancen. Demichelis mit einem Latten-Kopfball (75.), Zé Roberto mit einem Schlenzer, den Borges von der Linie schlagen konnte (81.) und Makkay mit einem Schuss, bei dem DSC-Torwart Hain glänzend reagierte (81.), hätten die endgültige Entscheidung herbeiführen können. Bei Bielefeld schwanden die Kräfte, Bayern München brachte die Schlussphase routiniert über die Runden. In der Nachspielzeit kam die Magath-Elf noch zum 2:0, als Schiedsrichter Merk nach einem Zusammenstoß zwischen Pizarro und Lense im Strafraum auf Elfmeter entschied. Buckley bedrängte den Unparteiischen und sah dafür Rot. Makaay dagegen nahm das Geschenk dankend an und traf .
Arminia Bielefeld verpasst den erstmaligen Einzug in das Finale des DFB-Pokals. In einer über weite Strecken rassigen Begegnung setzte sich der FC Bayern auf Grund der besseren Chancenverwertung gegen eine keineswegs enttäuschende Rapolder-Elf am Ende durch und steht nun im Endspiel gegen den FC Schalke 04.