Das teilte der Verein am Donnerstag mit. Der bisherige Coach des SSV Jahn Regensburg, mit dem er am Montag im zweiten Relegationsspiel beim Karlsruher SC in die 2. Bundesliga aufgestiegen war, wird damit Nachfolger von Jos Luhukay.
Der Niederländer hatte sein Amt in Augsburg nach dem gesicherten Klassenverbleib niedergelegt und ist am Donnerstag bei Hertha BSC eingestiegen.
Weinzierl soll beim FCA am kommenden Dienstag offiziell vorgestellt werden.
Zu einem klaren Statement zu seiner Zukunft war der 37-jährige Weinzierl nach dem direkten Aufstieg mit den Oberpfälzern noch nicht zu bewegen: "Das ist nicht der Zeitpunkt, um über meine Person zu sprechen. Ich genieße den Moment und lasse mich nicht von anderen Themen davon abbringen. Ich werde überlegen und dann wird es irgendwann eine Entscheidung geben", sagte er nach dem 2:2 beim KSC.
Die finanziell klammen Regensburger hatte in der 3. Liga mit Blick auf den Aufstieg niemand auf der Rechnung, doch Weinzierl formte eine Truppe, die sich nach 38 Spielen, 16 Siegen, 13 Unentschieden und nur neun Niederlagen überraschend auf Platz drei wiederfand.
