Der 39-Jährige ist noch bis zum Ende dieser Saison Sportlicher Leiter und Trainer bei Zweitligist SC Paderborn, der unter Schubert den Klassenverbleib geschafft hat. Schubert hatte beim SCP noch einen Vertrag bis 2012, sich mit dem Verein aber darauf geeinigt, ab Sommer getrennte Weg zu gehen. In Hamburg wird er einen Zweijahresvertrag erhalten bis Juni 2013 erhalten. Schubert ist seit 2006 in Paderborn, zunächst als Leiter der Sport- und Nachwuchsförderung und Trainer der 2. Mannschaft. Im April 2009 stieg er zum sportlichen Leiter auf und übernahm einen Monat später auch den Job des Cheftrainers. In dieser Doppelfunktion führte er im selben Jahr die Profimannschaft des SC Paderborn in die 2. Liga. Jan-Moritz Lichte, der schon in Paderborn assistierte, übernimmt die Stelle des Co-Trainers.
"Ich habe mich sehr über die Kontaktaufnahme gefreut, wir hatten professionelle, unaufgeregte und zielführende Gespräche. Hier finde ich ideale Bedingungen, um meine Vorstellungen vom Fußball umsetzen zu können. Ich freue mich sehr auf die Herausforderung beim FC St. Pauli", wird Schubert auf der Website des Vereins zitiert.
Beim FC St. Pauli erwartet das Duo eine schwierige Aufgabe. Die erst vor einem Jahr aufgestiegenen Hamburger, die zwei Spieltage vor Schluss bei fünf Punkten Rückstand auf den Relegationsplatz nur noch minimale Chancen auf die Rettung haben, müssen den bisherigen Trainer Holger Stanislawski ersetzen. Stanislawski wechselt nach 18 Jahren bei St. Pauli zur neuen Spielzeit zu Bundesligist 1899 Hoffenheim.
"Ich bin davon überzeugt, dass die Entscheidung des FC St. Pauli mit André Schubert und Jan-Moritz Lichte in die nächsten Jahre zu gehen eine absolut richtige Entscheidung ist. Ich freue mich sehr auf die Zusammenarbeit. Ich kenne André Schubert schon seit über zehn Jahren und habe seinen Weg schon lange verfolgt. Er hat in den letzten Jahren eine sehr positive Entwicklung genommen und er ist für die Situation, in der wir nächstes Jahr sind, genau der richtige Mann", begrüßt Sportchef Helmut Schulte den neuen Mann an der Seitenlinie.