Eine Änderung nahm Klaus Augenthaler im Vergleich zur siegreichen Elf vom 1:0 in Wolfsburg vor. Jens Nowotny kam zu seinem Debüt in dieser Bundesligasaison für den Brasilianer Juan ins Team und übernahm sofort wieder die Kapitänsbinde. Keine Änderung bei Hansa Rostock: Trainer Armin Veh vertraute exakt der Elf vom 1:2 gegen Bayern München in der Vorwoche. Auch der angeschlagene Persson meldete sich nach Wadenproblemen rechtzeitig zurück.
Bayer begann in den ersten Minuten mit viel Tempo und Zug zum Tor. Franca hatte in abseitsverdächtiger Position frei vor Schober eine gute Chance, aber sein überlegter Heber strich um Zentimeter am linken Pfosten vorbei. Aber Rostock antwortete selbstbewußt und ließ sich nicht einschnüren. Im Gegenteil: Tjikuzu mit einem Weitschuss und Aduobe hatten Gelegenheiten für die Norddeutschen. Dann nahm aber Leverkusen im weiteren Verlauf das Heft mehr und mehr in die Hand, obgleich Rostock mit zielstrebig vorgetragenen Kontern permanent Gefahr ausstrahlte. Lucic, Babic und Franca vergaben gute Einschusschancen. Auch wenn die Partie nach einer halben Stunde nicht mehr so viele Strafraumszenen zu bieten hatte, blieb es in der BayArena interessant, weil beide Teams engagiert und mit viel Zug nach vorn zu Werke gingen. Trotz des 0:0-Halbzeitstandes bot die Partie bis dato von beiden Mannschaften Bundesligafußball auf gehobenem Niveau.
Der Tscheche Kovar musste auf Seiten von Hansa in der Kabine bleiben, nachdem er kurz vor der Pause im Zweikampf unglücklich umknickte und sich dabei verletzte (Bänderriss im Sprunggelenk). Für ihn kam Wimmer ins Team. Die Partie knüpfte in Punkte Einsatz und Spielfreude da an, wo sie im ersten Abschnitt aufgehört hatte. Auch wenn die Rostocker weiterhin bei ihren Entlastungsangriffen frech nach vorn spielten und die Bayer-Abwehr durchaus in Bedrängnis brachten, ließen sie vor dem eigenen Gehäuse nun zuviel Raum für die Augenthaler-Schützlinge. Diese vermochten es jedoch nach etwa einer Stunde nicht, die sich mitunter im Minutentakt bietenden Gelegenheiten zu nutzen. Zudem war Schober in guter Form und parierte stark gegen Neuville, Lucio und Babic. Diego Placente war es schließlich vorbehalten, den immer größer werdenden Druck auch in einen Treffer umzumünzen. Nach Flanke von Schneider stieg der Argentinier völlig alleingelassen hoch und vollendete neben den linken Pfosten (70.). Nur fünf Minuten später dann die Vorentscheidung: Über Ramelow und Ponte kam der Ball zu Berbatov, der allerdings im Abseits stand, was Schiedsrichter Kemmling und sein zuständiger Assistent nicht ahndeten. Der Bulgare ließ sich die Gelegenheit nicht entgehen und schob zum 2:0 ein (75.). Als dann auch noch Bierofka kurz später Schober auf dem falschen Fuß erwischte und das 3:0 besorgte (79.), war es endgültig um die über eine Stunde so stark mitspielenden Rostocker geschehen. Geschockt ergaben sie sich in ihr Schicksal.
In einer sehr attraktiven Partie gewann Bayer verdient drei Punkte und verpasste die Tabellenspitze nur auf Grund der weniger erzielten Treffer im Vergleich zu Werder Bremen. Hansa Rostock spielte lange sehr gut mit, hielt dem Druck der Leverkusener schließlich aber in der Defensive nicht mehr stand.