Polak war im Sommer 2005 von Slovan Liberec erstmals nach Nürnberg gewechselt. Mit den Franken gewann er 2007 den DFB-Pokal durch einen Sieg gegen den damalig frisch gekürten Meister VfB Stuttgart (3:2 n.V.). Kurz darauf zog es den tschechischen Nationalspieler (57 Partien) zum belgischen Erstligisten RSC Anderlecht, ehe er im Januar 2011 wieder in die Bundesliga nach Wolfsburg transferiert wurde.
Nach drei Jahren bei den Wölfen kehrte er 2014 zum gerade abgestiegenen FCN zurück und absolvierte in den zwei darauffolgenden Spielzeiten 39 Einsätze in der 2. Bundesliga. "Vielen Dank für alles. Mach's gut, Jan!", gab der Klub via Twitter den Abgang des 35-Jährigen bekannt.
Polak kehrt nun in seine Heimatstadt zurück und schließt sich dem tschechischen Erstligisten Zbrojovka Brünn an, der die abgelaufene Spielzeit auf Rang 6 abgeschlossen hat.