Pogatetz wechselte zum Jahresbeginn 2016 von Columbus Crew aus der nordamerikanischen MLS nach Berlin und unterschrieb zunächst für ein halbes Jahr. Seitdem bestritt der "Mad Dog" genannte Innenverteidiger neun Spiele für Union und kam auf einen kicker-Notenschnitt von 3,56.
"Emanuel ist ein sehr professioneller und erfahrener Spieler, der in den letzten Wochen und Monaten nachhaltig bewiesen hat, dass er uns weiterhelfen kann. Auf seine Dienste wollten wir daher nicht verzichten", sagte Helmut Schulte, Leiter der Lizenzspielerabteilung der Eisernen. Der auslaufende Vertrag des 33-Jährigen wurde bis 2017 verlängert.
Vor seinem Engagement in der Hauptstadt spielte Pogatetz für Hannover 96 (2010-12), den VfL Wolfsburg (2012/13) und den 1. FC Nürnberg (2013/14) insgesamt 88-mal in der Bundesliga (zwei Tore). Außerdem sammelte der 1,90 Meter große Linksfuß auch Erfahrungen in der englischen Premier League für den FC Middlesbrough (2005-2010) und West Ham United (2013).