Auxerres Trainerlegende Guy Roux musste im Duell gegen den deutschen Meister auf zwei wichtige Spieler verzichten: Die Nationalspieler Mexès und Kapo waren gesperrt, dafür spielten Grichting in der Abwehr und Tainio im Mittelfeld. Dagegen kehrte mit Cissé ein weiterer Nationalspieler in die Startelf zurück. Für den Stürmer musste Mwaruwari weichen. Bei Borussia Dortmund nahm Trainer Matthias Sammer nach dem 1:2 bei Bayern München notgedrungen vier personelle Änderungen vor: Wörns (Magen-Darm-Verstimmung) und Metzelder (Muskelfaserriss) wurden durch Kehl und Madouni ersetzt. Statt Rosicky (Grippe) sollte Ricken die Fäden im Mittelfeld ziehen. Zudem erhielt Dedes Bruder Leandro, der sonst bei den Amateuren des BVB in der Regionalliga Nord spielt, eine Chance von Beginn an, für ihn blieb Amoroso draußen.
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Die Partie im mit rund 19000 Zuschauern besetzten Abbé-Deschamps-Stadion begann relativ verhalten. Weder Auxerre noch Dortmund ließen sich in der Anfangsphase aus der Reserve locken und suchten nur selten den Weg Richtung gegnerisches Tor. Chancen waren Mangelware, meistens wurde der Ball auf beiden Seiten quer geschoben.
Erst nach einer guten Viertelstunde kam Auxerre in Gestalt von Nationalstürmer Cisse etwas besser in die Partie. Der 20-Jährige setzte mit einigen Alleingängen, bei denen er seine Geschwindigkeitsvorteile gegenüber der BVB-Abwehr ausspielen konnte, ein erstes Zeichen. Nach 22 Minuten hatte der BVB dann Glück, als Debütant Leandro einen Jaures-Kopfball von der Torlinie köpfen konnte.
Doch damit war der Höhepunkt des ersten Abschnitts bereits vorbei. Dortmund zog sich bis zum Pausentee weit in die eigene Hälfte zurück und versuchte durch Ballkontrolle Sicherheit ins eigene Spiel zu bringen. Auxerre war zwar die tonangebende Mannschaft, konnte aber die dicht gestaffelte Abwehr der Borussia nicht mehr vor Probleme stellen. Der BVB verbuchte im ersten Abschnitt lediglich einen einzigen Torschuss durch Frings (36.), aber der Versuch des Nationalspielers ging knapp am linken Pfosten vorbei. Mit Pfiffen wurden die 22 Akteure von den Zuschauern in die Kabinen begleitet.
Auxerres Trainer Guy Roux reagierte zur Pause und brachte mit Mwaruwari einen zusätzlichen Stürmer. Doch auch diese Maßnahme brachte zunächst nicht den gewünschten Erfolg. Auf beiden Seiten war weiterhin viel Leerlauf im Spiel, Ballstafetten über mehrere Positionen bildeten die Außnahme. So plätscherte das Spiel ohne große Höhepunkte vor sich hin.
Erst nach 67 Minuten besann sich Auxerre und zog das Tempo an. Prompt ergaben sich für die Burgunder auch Möglichkeiten, doch sowohl Cisse (67.) als auch Mwaruwari (69.) verzogen jeweils aus aussichtsreicher Position.
Beim zweiten Versuch war aber der agile Mwaruwari erfolgreich. Nach einem Einwurf behauptete sich der 24-Jährige im Zweikampf gegen Koller. Aus rund 14 Metern überwand der Torschütze aus dem Hinspiel Lehmann mit einem Flachschuss ins linke Toreck (76.).
Auxerre zog sich nach der Führung zwar wieder etwas zurück, war aber mit schnellen Gegenstößen dem 2:0 näher als Borussia dem Ausgleich. Der BVB konnte in der Schlussviertelstunde der Partie keine Wende mehr geben.
Gegen keineswegs überzeugende Franzosen verpasste ein ganz schwaches Dortmund den Sprung auf Platz eins. Auxerre genügte eine Temposteigerung Mitte der zweiten Halbzeit, um sich in den UEFA-Cup zu spielen.