Andreas Bergmann brachte nach der 2:1-Niederlage in Erfurt zwei neue Kräfte - Lechner und Morena ersetzten Palikuca und Arifi.
Auch Berlin stellte zweimal um nach dem 1:1-Unentschieden in Nürnberg. So kam der in der Bundesliga gesperrte Marcelinho wieder zum Einsatz, außerdem durfte sich Cairo im Sturm neben Pantelic versuchen. Boateng und Neuendorf mussten auf der Bank Platz nehmen.
Berlin erwischte am Millerntor einen optimalen Start in die Partie. Friedrich setzte sich über die rechte Seite durch, passte auf Pantelic, der aus zwölf Metern Paulis Schlussmann Hollerieth keine Chance ließ (8.).
Die Gastgeber erholten sich von dem frühen Gegentor jedoch schnell und kamen immer besser ins Spiel. So traf Luz nach einer Flanke von Shubitidze lediglich an den Pfosten (17.). Gerade in einer Phase als sich die Berliner vor dem Tor der Hamburger schwer taten und kaum noch zu Chancen kamen, erzielte sie den zweiten Treffer. Pauli verlor den Ball im Spielaufbau an die Berliner, so dass Cairo auf Gilberto flanken konnte, der den Ball mit vollem Risiko aus 16 Metern in die Maschen jagte (40.).
St. Pauli gab sich auch jetzt noch nicht geschlagen und schlug noch vor der Pause zurück. Morena setzte sich im Strafraum durch und bediente Mazingu-Dinzey, der aus kurzer Distanz den Anschlusstreffer markierte (45.+1).
Zur Pause gab es auf beiden Seiten noch keine personellen Veränderungen. Die erste gute Möglichkeit verbuchte Marcelinho für die Herthaner. Nach einer Flanke kam der Brasilianer zum Kopfball, der von Hollerieth pariert werden konnte (50.). Die Bergmann-Elf versuchte nun zwar den Rückstand auszugleichen, tat sich aber schwer. Außerdem sorgten viele kleine Fouls für Unterbrechungen und Spielfluss mochte in dieser Phase kaum aufkommen.
Gegen Ende der Partie warf St. Pauli alles nach vorne und drängte Berlin in die eigene Hälfte. Kurz vor Ende der 90 Minuten konnte Luz per Kopfball - nach einer Ecke von Mazingu-Dinzey - doch noch für den Ausgleich und damit für die Verlängerung sorgen (87.).
In der Verlängerung war es zunächst Marcelinho, der einen Freistoß aus 30 Metern per Flachschuss verwandelte (100.). Doch wieder schlugen die "Kiezkicker" postwendend zurück und glichen durch ein Tor von Lechner erneut aus (104.). Nach einem Freistoß köpfte dann sogar Palikuca am langen Pfosten zur 4:3-Führung für den Regionalligisten ein.
St. Pauli kam nach einem 0:2-Rückstand zurück und drehte das Spiel in der Verlängerung. Palikuca sorgte in der Nachspielzeit mit seinem Kopfballtreffer für den entscheidenden Treffer. Für Berlin ist wieder Schluss im Achtelfinale.